污泥顆粒化是一個較為復雜的過程，其形成機理目前還不十分清楚，一般可分為三個階段：污泥培養期、顆粒污泥出現期、顆粒污泥成熟期。整個過程是受到多種因素影響的，歸結起來主要受操作因素及廢水組成兩個方面因素影響。
1.操作因素
接種污泥。隨著UASB反應器的推廣，初次啟動反應器可直接取啟動成功的反應器的顆粒污泥作為接種污泥，但此時要求所處理的廢水與環境條件盡量一致。接種污泥如提供適當顆粒體，甚至少量破碎顆粒污泥，可促進顆粒污泥的形成。若無顆粒污泥，可取污水處理廠消化污泥、消化糞肥、化糞池污泥、新鮮牛糞或下水道污泥接種來培育顆粒污泥。培育顆粒污泥雖對接種污泥無特殊要求，但接種污泥品質差異對形成顆粒污泥的快慢有直接影響。當接咱污泥活性較高時，顆粒污泥形成的時間縮短為1-2個月，反應器啟動更容易。
水力負荷。選擇性地洗出細小的顆粒污泥或絮狀污泥，這也是污泥顆粒化的一個關鍵的因素。因此，此時洗出的污泥因降解性能差而不再回流至反應器。但是要注意的是，洗出的污泥量不能太多，否則會因負荷過高而導致反應器內酸積累，系統運行不穩定。
溫度。不同的微生物生長需要不同的溫度范圍。
pH值及pH緩沖能力。pH值是厭氧處理的又一個重要因素。厭氧過程中，水解菌與產酸菌對pH有較大的適應范圍，而產甲烷菌則對pH值比較敏感，其適宜生長范圍是6.5-7.8，超過這個范圍，則會受到抑制而出現酸積累等問題，因而必須將pH控制在上述范圍內。
2.廢水特征
進水COD濃度。適中的COD，保證水力篩選的線速度，細菌正常培育時期內所需要的營養，使細胞穩實地生長，沉降性能好，整個反應系統穩定性也好，有利于顆粒污泥的形成。
懸浮物。若SS濃度過高，不利于污泥與進水中有櫛風沐雨民染物的充分接觸，容易造成反應器的堵塞，降低污泥顆粒化的速度，甚至根本不能形成顆粒污泥，因此，對進水SS濃度需要進行控制。
營養物和微量元素。微生物的生長需要一定量的營養物和微量元素，添加營養物的數量及微量元素的種類要依據組成細胞的化學成分而定。
有毒有害物質。對廢水特征進行分析時，還必須充分考慮廢水中是否存在毒性化合物或在降解過程中可能轉化為毒性化合物的物質。
其他因素。此外，適量鈣離子的添加，其產生的電搭橋作用可促進顆粒污泥形成，甚至磷酸鹽的存在也是顆粒污泥提前出現的因素。